Pendidikan dan pembinaan yang dilaksanakan di IDIA Prenduan tidak hanya berlangsung di runang kuliah, karena yang terpenting dalam dunia pendidikan adalah pembinaan mental yang harus tertanam dalam setiap jiwa mahasiswa. Perbuatan baik melambangkan kesucian serta kebersihan jiwa orang tersebut, karena setiap tingkah laku yang mulia adalah lahir dari kesucian setiap jiwa. Salah satu bentuk pembinaan ruhani yakni sebuah nasehat yang disampaikan oleh bapak rektor IDIA Prenduan dalam upacara pembukaan Ujian Akhir Semester, yang dilaksanakan di depan Warnet selatan gedung rektorat, bahwa segenap mahasiswa dan mahasiswi IDIA Prenduan harus menanamkan nilai-nilai kedisiplinan dimanapun dan kapanpun berada. Terlebih beliau menekankan bahwa terhadap diri kita sendiripun kita harus berdisiplin, karena jasmani yang sehat adalah milik mereka yang pandai berdisiplin dalam segala hal, mulai dari mengatur pola makan, tidur dan sebagainya.
Kesadaran dalam membina mental yang sehat sangat diperlukan bagi setiap jiwa, karena setiap yang kita lakukan dampaknya akan kembali kepada diri kita masing-masing. Dalam hal ini bapak rektor mengutip sebuah ayant dalam al-qur’an yang artinya. “jika engakau berbuat baik maka demikian itu adalah untuk diri kalian sendiri, begitupun kejahatan dan keburukan yang kalian perbuat akan kembali pada diri kalian sendiri”, artinya kesadaran dalam berlaku baik dan jujur harus disadari oleh setiap individu karena keuntungannya akan diterima bagi diri yang berbuat.